한심한 사신이 떨어뜨린 노트가 일상이 지루한 천재의 손에...

야가미 라이토(夜神月, 후지와라 타츠야)는 명문대학을 다니는 엘리트. 장래 경시총감 재목으로 촉망 받고 있는 이 천재는 남몰래 법 질서에 의한 정의 실현에 한계를 느끼고 있었다. 강력 범죄가 빈발하는 한편 날로 증가하는 불기소, 미해결 사건. 게다가 약물복용자가 살인을 저질렀으면서도 무죄 판결을 따내고 유유자적하는 모습을 본 라이토는 절망감에 육법전서를 내다 버린다. 바로 그 때 문득 눈에 띈 검은 표지의 노트 한 권. 거기에는 '데스노트(DEATH NOTE)'라는 글이 적혀 있었다.

"how to use it"이라고 적힌 페이지에는 "이 노트에 이름이 적힌 사람은 죽는다."라는 글귀가 있었다. 믿을 수는 없었지만 시험삼아 tv에 나온 유괴살인범의 이름을 노트에 적은 라이토는 다음 날 아침 신문에서 자신이 이름을 적었던 남자가 갑자기 감옥에서 죽었다는 기사를 보게된다.
"데스노트는 진짜야! 미래가 내 손 안에 있는거야!"그런 그의 앞에 노트를 잃어버린 사신(死神)이 등장한다. 하지만 라이토는 그의 출현에 동요하지 않고 자신의 힘으로 세상의 범죄자를 단죄해 이상적인 세계를 만들겠다고 다짐한다.

도망중인 흉악범, 저지른 범죄를 은폐하려는 권력자, 마땅히 받아야할 벌을 받고 있지 않는 인간들... 범죄자들의 미심쩍은 죽음이 이어지자 인터넷을 중심으로 "키라(キラ)"라는 이름이 붙은 "구세주"의 존재가 화제가 되기 시작한다. 키라는 정의의 사도인가, 아니면 추악한 악마인가?

한쳔, 인터폴에서는 일련의 키라사건을 조사하기 위해 천재 하나를 일본 경시청으로 불러들인다. 뛰어난 정보수집능력과 신을 능가하는 추리력으로 미궁에 빠진 수많은 사건을 햐결 해 온 천재 명탐정 엘/류자키(L/龍崎,마츠야마 켄이치). 그 엘의 지시를 받아 일본 경찰과 FBI가 키라의 뒤를 쫓기 시작한다. 점점 더 좁혀오는 수사망. 데스노트의 룰을 교묘히 이용해 그 수사망을 빠져나가는 라이토. 인류의 미래를 놓고 키라와 엘의 숨막히는 두뇌대결이 펼쳐진다.